События начинают происходить в стране, носящей дивное название Аместрис. Здесь действительно есть место волшебству, так как алхимия для этой страны не профанация, а точная наука. Здесь живут братья Эдвард и Альфонс. Они достигли подросткового возраста и уже имели кое-какое представление об алхимии, но слишком поверхностные. С помощью науки они применили попытку воскресить свою умершую мать. Им дорого стоила эта выходка. Один брат лишился ноги и руки, а у второго и вовсе все тело пропало, но его заменили рыцарские доспехи. Вдвоем пострадавшие от незнания братья отправились в столицу, чтобы постигать алхимические тонкости.

Кики — молодая ведьма, проходящая обучение и живущая в деревне у своей матери, также ведьмы, изготавливающей целебные средства для местных жителей. Кики достигла возраста, когда по традиции она должна покинуть свой дом и в качестве стажировки провести год жизни в незнакомом городе. Героиня садится на материнскую метлу и отправляется в далёкий путь. Вскоре она находит городок, где после некоторых трудностей, ей удается обосноваться и открыть свою небольшую службу по доставке вещей посредством полётов на метле.

Для того чтобы защитить человечество Кога Саезима заключает договор с могущественным Казари. Кога отправляется на землю обетованную, чтобы вернуть Клык скорби. Когда он попадает туда, Кога теряет меч Гаро, магическую одежду и кольцо Мадо, необходимые ему в сражениях…

Великий знаток инь-ян Абэ но Сэймэй и отважный придворный Минамото но Хиромаса на этот раз спасают столицу от гнева возрождённого бога Сусаноэ. Но даже мистических знаний и крепкой дружбы не хватило бы смельчакам, не разбуди они спящую богиню Аматэрасу — сестру Сусаноэ.

Действия фильма разворачиваются в Японии десятого века. Заговорщики хотят свергнуть законного императора. Они решают прибегнуть к помощи черного мага Досона. Чародей соглашается помочь им. Но вскоре даже сами злодеи приходят в ужас оттого, что с помощью своих заклятий творит колдун. Теперь лишь великий волшебник Сэймей может встать на пути чародея, решившего ввергнуть империю в хаос. Двум колдунам предстоит сойтись на поле боя, где за Сэймейем будут стоять силы света, а за Досоном смерть, уничтожение и мрак.