Эта история возвращает игроков к началу войны между людьми и Ковенантами и подводит к событиям, происходящим в игре Halo 4. В стенах военной академии Космического Командования Объединённых Наций (UNSC) группу курсантов знатного происхождения готовят стать следующим поколением солдат в надвигающейся войне между UNCS и повстанцами на колониальных планетах. Один из кадетов, Томас Ласки, ведет внутреннюю борьбу, преодолевая сомнения по поводу войны и опасения не оправдать высоких ожиданий командования. К тому моменту, как Ласки смирился со своей ролью будущего командира, ужасающее войско альянса Ковенант вторгается на планету и переворачивает привычный мир героя с ног на голову. Вдохновлённый подвигами Мастера Чифа, Ласки должен на собственном опыте узнать, что значит быть героем.

Молодая семейная пара переезжает со среднего Запада в центр Нью-Йорка. Взявшись за работу управляющих менеджеров престижного жилого здания в престижном районе города супруги намерены наладить жизнь и осуществить американскую мечту. На пути к поставленной цели присутствует небольшая проблема. Дело в том, что все жильцы управляемого ими здания продали душу Сатане, который охотно исполняет все их самые скверные пожелания.

На глубине 500 футов под поверхностью океана, американская атомная подводная лодка «Колорадо» получает приказ по радиоканалу, предназначенному для использования только в том случае, если их родина находится под угрозой уничтожения. Им приказывают нанести ядерный удар по Пакистану. Капитан Маркус Чаплин требует подтверждения приказа специально, чтобы Белый Дом отстранил его от должностных обязанностей. Старший помощник командира Сэм Кендал неожиданно становится ответственным за субмарину и сталкивается с тем, что ему нужно принять непростое решение. Когда он отказывается стрелять без подтверждения приказа, подлодку атакуют, и она получает пробоину. Субмарина и её экипаж оказываются на дне океана, признанные врагами своей страны. И в этот момент, когда все пути назад закрыты, Чаплин и Кендал решают выбраться на остров. Здесь они найдут убежище и шанс на новую жизнь, даже когда они попытаются очистить свои имена и вернуться домой.