Хэтэуэй Ноа возглавляет мятеж против Земной Федерации после восстания Чара, но встреча с офицером вражеской армии и загадочной женщиной меняет его судьбу.

Разлучившись с Такаси во время прогулки, кот Нянко встречает заблудившихся детей. Нянко решает помочь им добраться до дома.

Группа ниндзя во главе с Фуумой заражает главных героев новым штаммом вируса Багстеров, который отправляет их сознание в виртуальный мир. Эму в отчаянии, Дан решает ему помочь и создаёт Генм VR — специальное устройство, которое позволит Эму переместиться в виртуальный мир и спасти друзей.

В баскетболе слабым не место - именно так считает американская баскетбольная команда Jabberwock, которая прибыла с визитом в Японию. Сыграв в дружеском матче против одной из местных команд и одержав беспрекословную победу, члены американской команды начали насмехаться над побежденными. Они решили, что в Японии никто не умеет играть в баскетбол. Как же они ошибались.

Тацуя и его сестра Миюки, окончив свой первый год в Первой магической школе, приезжают на виллу на острове. Вскоре они знакомятся с Кокоа, сбежавшей с военно-морской базы. Девушка просит Тацую исполнить одно ее желание.

Сюжет развивается в 2015 году во время финальной эпохи, над которой магия всё ещё властвует. Для наблюдением за безопасностью мира и выживания человечества была создана организация Caldea. Организация наблюдает за миром, который может быть увиден только с помощью магии, а также за миром, который можно измерить только наукой. Благодаря усилиям многих исследователей путь человеческой истории был определён на 100 лет в будущее. Однако, без предупреждения, царство будущего, которое находится под постоянным наблюдением Caldea, исчезло. В то же время подтвердилось вымирание человечества к 2017 году. Очевидная причина исчезновения была в японском городке Fuyuki в 2004 году. В этом городе было обнаружено "ненаблюдаемое царство", до этого никогда там не существовавшее. Caldea выпустила Великий Приказ на "Экспедицию за Священным Граалем". Экспедиция должна найти, выявить и по-возможности уничтожить вероятность, которая приведёт к вымиранию человечества.