Много лет назад отец Инуяси, Великий Пес-Демон, создал три меча Клыка. Два из них оставил своим сыновьям - Инуясе и его брату Сессёмару. Третий меч, Соунга, был запечатан на долгие века. Теперь же, через 700 лет, мощь клинка пробудилась и братья должны преодолеть свои разногласия чтобы противостоять силе, способной уничтожить человечество.

Прошел год после битвы Годзиллы с Механической Годзиллой. И вот новое предупреждение: японцы должны вернуть океану все, что они сохранили от первого нашествия Годзиллы. И кости, и органические ткани, - абсолютно все, вплоть до молекул ДНК, необходимо отправить в бездну вод, чтобы получить шанс на спокойную жизнь. Предупреждение это исходит от другого легендарного монстра - от Мотры, которая всегда была лютым врагом Годзиллы. И Годзилла не заставляет себя долго ждать: чудовище выходит из моря, чтобы сразиться с Мотрой и Меха-Годзиллой...