Юноша хотел защитить девушку. Таково было его желание. Через десять лет после Войны за Святой Грааль — битвы между Мастерами и Слугами за святой сосуд, исполняющий желания — в городе Фуюки вот-вот начнётся новая война. Сиро Эмия, приёмный сын участника предыдущей Войны Кирицугу Эмии, решает вступить в сражение и исполнить последнее желание своего отца. Сакура Мато влюблена в Сиро и всегда рядом с ним. Каждый день она приходит к нему домой, готовя еду и привнося тепло в жизнь одинокого юноши. Однако с началом новой Войны за Святой Грааль всё меняется. По Фуюки прокатывается волна убийств, и над городом сгущается зловещая тень. Сиро решает приютить Сакуру у себя дома. Призвав Слугу Сэйбер, он объединяется с магичкой по имени Рин Тосака и принимает вызов. Незримые игроки начинают секретные манёвры, и вскоре Война за Святой Грааль выходит из-под контроля.

Продолжение приключений неугомонных учащихся величайшей Академии магии. Они как и прежде не могут остаться в стороне от жизни.

"Ты больше не существуешь!". Так заявила ошалевшему старшекласснику Сакаю Юдзи красноокая и красноволосая девушка Шана, за несколько минут до этого спасшая ему жизнь от гигантского зубастого монстра. В короткий период времени весь порядок мироздания в корне изменился для Сакая: возвращаясь домой после школы, он внезапно оказался в жутковатом альтернативном мире вместе с окружающими прохожими, послужившими лакомством для исполинского чудовища. От страшной участи парня спасла невесть откуда появившаяся Шана, виртуозно владеющая длинным мечом. Но гораздо страшнее оказалось известие о том, что он уже давным-давно не человек, а лишь оболочка, хранящая очень важное сокровище для других миров. С этого дня для старшеклассника Сакая Юдзи началась совсем другая жизнь...