Бэтмен узнает, что у него есть наследник, подросток сын, тайно посланный террористической группой Лига Убийц.

Мультфильм повествует о начале возникновения Лиги справедливости. В Готэм-сити загадочным образом исчезают люди, в этом винят Бэтмена. Люди считают, что он похищает людей и пьет их кровь. Зеленый Фонарь, дабы покарать виновника похищения, направляется в Готем и встречает там Бэтмена, но под личиной летучей мыши оказывается инопланетный высокотехнологичный робот. Фонарь и настоящий Бэтмен объединяются для борьбы с роботом, который заложил какой-то предмет в канализации города. Как выясняется позже эти штуки есть ничто иное как кротовые норы (порталы для перемещения между измерениями) для вторжения.

Миллионы людей в нашем мире ссорятся по тем или иным причинам. Кто-то умеет мирно разрешать конфликты, кто-то же привык решать все проблемы «на кулаках». Но мало кто верит в существование истинной справедливости, однако команда супергероев всегда готова подтвердить, что справедливость все же, существует. Отважные спасатели бросаются на помощь к тем, кто пострадал от незаконных или нечестных действий злодеев, они очищают мир от негодяев, делая его более добрым и светлым.

От производителя В Готэме вручают награду «Гражданин года». Но неожиданно, на вечеринку заявляется Джокер и с ним целая свита злодеев: Загадочник, Женщина-Кошка и Двуликий. Темный рыцарь приходит на помощь, чтобы обуздать этих нежданных гостей. Но не всех преступников видно невооруженным глазом. Леке Лютор пронес на вечеринку Деконструктор — секретное оружие, теперь баланс сил в Готэме может измениться навсегда! С такими противниками Бэтмен и Робин будут долго биться в одиночку. Хорошо, что у них есть Супер-друзья! Присоединяйтесь к борьбе со злом вместе с Суперменом, Чудо-женщиной, Зеленым фонарем и Лигой Справедливости! Они спешат защитить невинных, спасти Готэм-сити и, конечно, не упустят шанс пошутить. Вас ждут абсолютно новые захватывающие моменты, которых не было в видео-игре. Это первый полнометражный фильм про Лего Бэтмена. Кто знает, может, и он не откажется повеселиться!

Супермен узнает о безжалостном злодее Брейниаке, который захватил и уменьшил столицу его родной планеты Криптон, город Кандор. Вместе со своей непредсказуемой кузиной Супергел, Супермен должен защитить свою родную планету от все возрастающей мощи Брейниака.