«Дети шпионов: критическая миссия» - это ответвление от оригинальной сюжетной линии серии фильмов, представленное в формате мультипликации. Мультсериал о подготовке детей в шпионской академии. Главные герои - мальчишки и девчонки, которые мечтают защищать мир от злодеев. Последние же всегда стремятся использовать самые смертоносные виды вооружения, чтобы нанести вред простым жителям Земли. Взрослые шпионы бессильны перед мегазлым антагонистом. Теперь слово за детьми!

Гарри — ветеран правительственного департамента по отлову и уничтожению демонов, который был создан после масштабного вторжения сил зла в наш мир. В войне с силами Ада он потерял много друзей и любимую, но приобрёл стальной цинизм, язвительное чувство юмора и желание уйти на пенсию. Но вот беда, ему до сих пор не нашли замену. И снова ему одному приходится тянуть лямку борьбы за освобождение мира от демонической нечисти.

Простодушный и наивный новобранец Хисонэ Амакасу прибывает на базу ВВС сил самообороны Японии. Девушка вступила в ряды ВВС, чтобы держаться на расстоянии от окружающих, ведь всю свою жизнь она умудрялась даже совсем невинными словами обижать и причинять боль близким ей людям. Это решение Хисонэ стало судьбоносным и привело к встрече с драконом типа «OTF», который может превращаться в боевой истребитель. Дракон, сокрытый на базе, выбрал Амакасу своим пилотом, кардинально изменив её судьбу. Легенды гласят, что у драконов есть ключ к будущему мира... Вместе с Хисонэ и другими драго-пилотами нам предстоит выяснить, правда ли это!

Шухэй Амамия, сын известного пианиста, вынужден переехать из Токио в деревню к бабушке в связи с её резко ухудшившимся здоровьем. Сильно переживая за занятия музыкой и всей душой стремясь быть похожим на своего отца, на подъезде к городу, совершенно неожиданно, он слышит музыку, идущую из леса. В первый же день школы одноклассники рассказывают ему историю о проклятом рояле, стоящим в лесу. По местным слухам, когда-то рядом с ним был обнаружен труп. Решив напугать новичка, они заставляют его пойти в лес и сыграть на нём, но неожиданно в разговор вмешивается странный юноша по имени Кай Ичиносэ, нагло заявляющий, что это его рояль, на котором он регулярно играет. Это происшествие становится началом крепкой дружбы и истории пути совершенствования мальчиков как музыкантов.

История забросит нас в самое начало 20 века на просторы самого северного из японских островов — Хоккайдо. Сайти Сугимото прошёл всю русско-японскую войну и прославился под прозвищем «Неуязвимый»… Но даже героям нужны деньги и Сайти не исключение. Он отправился на Хоккайдо на поиски золота, но набрёл на карту сокровищ и девушку-айну. Что же теперь их ждёт?