В соответствии с доктринами «Теории судного дня от причуд» идеологическая группа Хьюмарайз убеждена, что все люди с причудами больны и должны быть уничтожены. Чтобы перестроить мир, экстремисты группы создали смертоносное устройство, известное как «Взрывная бомба», которое заставляет людей с причудами терять над собой контроль и умирать. Лидер преступной организации, Флект Тёрн, вынужден постоянно прятаться от захвата профессиональными героями, расположенными по всему миру. В то же время, в Японии Изуку Мидория обвиняется в преступлении, которого он не совершал. Непреднамеренно вовлекая Роди Соула, местного жителя в эту историю, Мидория вскоре оказывается в бегах вместе с мальчиком. Теперь дело за Роди, Мидорией и его одноклассниками, чтобы остановить заговор зловещей организации.

Синдзи Икари потерял волю к жизни, но вскоре обретет новую надежду. Проект по совершенствованию человечества будет запущен, люди выйдут на новый эволюционный уровень, и случится Четвертый удар.