С тех пор, как Бен нашел загадочные инопланетные часы Омнитрикс, которые наделяют своего хозяина нечеловеческой силой и превращают в доблестного супер-героя, прошло пять лет. Бену уже пятнадцать лет, он давно не надевал загадочные часы, жизнь самого обычного подростка его полностью устраивает. Когда Бен узнает, что дедушка Макс бесследно исчез, он решает еще раз надеть Омнитрикс. В ходе поисков Макса, Бен узнает, что над Землей нависла новая опасность – молодая и агрессивная инопланетная раса хочет уничтожить жизнь на Земле…

У пролетавших мимо Земли инопланетян что-то случилось с кораблем, и им пришлось совершить аварийную остановку. Власти планеты разместили экипаж корабля в Районе №9, превратив тем самым жизнь местного населения в ад. Дело в том, что инопланетяне производят впечатление безмозглых существ, к тому же внешне напоминают насекомых, за что их пренебрежительно прозвали "жуками". Они приходят в восторг от кошачьего корма, неконтролируемо размножаются и громят все, что видят. Жалобы населения достигают апогея, и власти решают переселить инопланетян в другое место. Для этого в Район №9 отправляется делегация.