В Японии, захваченной и переименованной в «Зону 11», вместе с младшей сестрой живёт старшеклассник Лелуш — изгнанный сын Императора, потерявший мать и право на престол. Юноша отличается от сверстников не только происхождением — он весьма одарённая личность, только где применить эти способности? Неожиданно Лелуш оказывается вовлечён в столкновение между японскими террористами и британскими солдатами. Так он знакомится с загадочной девушкой «C.C.» Она дарует ему сверхъестественную способность «Гиасс», позволяющую подчинять себе волю других людей.

«Майор» Мотоко Кусанаги, Бато и другие сотрудники секретного Девятого отдела разрешают международный кризис с заложниками, ведут охоту на самовольно покинувший полигон шагающий танк и расследуют серию самоубийств андроидов устаревшей модели. Когда погибает старый друг Тогусы, оперативники выходят на след загадочного хакера по кличке «Смеющийся человек»