Город нуждается в героях. Тьма окутала Нью-Йорк в виде Шреддера и его зловещего Клана Футов, у которого имеется железный контроль над всеми, от полицейских до политиков. Будущее выглядит мрачным, пока из канализации не поднимается и не раскрывает своё предназначение четвёрка отверженных братьев — Черепашки-ниндзя. Черепашки должны работать вместе с бесстрашным репортёром Эйприл и её саркастическим оператором Верном Фенвиком, чтобы спасти город и разгадать дьявольский план Шреддера.

Офицерам Шмидту и Дженко теперь предстоит работать под прикрытием в местном колледже. Однако когда Дженко встречает родственную душу в футбольной команде, а Шмидт проникает в богемную среду, они начинают сомневаться в их товариществе…