В начале XX века, наряду с технологическими достижениями, учёные смогли разработать сложную магию. При сочетании этой магии и науки были созданы схемы, способные даровать жизнь и личность неживым объектам. Этих существ стали называть Механическими куклами или Автоматами. Главный герой, Акабане Райшин, в сопровождении прекрасной девочки-подростка по имени Яя, фактически являющейся его оружием-марионеткой, поступает в Королевскую Академию, чтобы стать лучшим кукловодом в мире. Однако результаты тестов разбивают его мечту в пух и прах, хотя его боевые навыки и решимость не имеют себе равных. Райшину предстоит конкурировать с сильнейшими из претендентов, если он желает достигнуть своей цели.

В далёком будущем Галактический Альянс Людей ведёт войну с инопланетной расой Хидаас. Юный лейтенант войск альянса Ледо и его человекоподное оружие Чембер во время битвы попадают в искажение времени и пространства. После этого они обнаруживают себя на Земле, в то время превратившуюся в полузаброшенную планету, полностью покрытую водой. Люди на Земле проживают в скоплениях огромных кораблей, в одно из которых, под названием Гаргантия, и попадает главный герой. Он вынужден поселится вместе с пятнадцатилетней девушкой Эми, работающей посыльной.