В недалеком 2029 году сети и компьютеры развились до того, что появилась возможность создавать высокотехнологичных киборгов с полной интеграцией в Сеть. Главная героиня Кусанаги Мотоко - киборг, с человеческим разумом внутри кибернетического тела, майор Девятого отдела, созданного для спецопераций правительства. В Сети объявляется некий Кукловод, манипулирующий людьми через ту же Сеть, заставляя их действовать в его интересах. Его поимкой и занимается Девятый отдел. Но не все так просто, Кукловод оказывается разумным вирусом, разработанным "коллегами" из Шестого отдела для промышленного шпионажа и т.д., в деле оказывается замешана политика...

Итак, дело происходит в 2027 году, год спустя после завершения «четвёртой неядерной войны». Нью Порт Сити всё ещё не оправился окончательно от последствий боевых действий, но город уже вновь начинают сотрясать взрывы самоходных бомб. Примерно в то же время оказывается застрелен военный офицер, вовлеченный в незаконную торговлю оружием. В ходе расследования всего этого Дайске Арамаки из Отдела общественной безопасности встречает киборга и хакера экстра-класса Мотоко Кусанаги, приписанную к военному 501-ому секретному подразделению. Бато, сотрудник Арамаки и человек с «глазами, которые никогда не спят», подозревает, что именно Кусанаги ответственна за теракты. Тем временем Тогуса, детектив из префектуры Ниихама, одновременно расследует два убийства: в первом случае жертву застрелили, во втором жертва была проституткой. За самой же Мотоко пристально наблюдают глава 501-ого подразделения Куруцу и агенты-киборги.

В 2131 году человечество агонизировало после серии разрушительных мировых войн. Оазисом в мире хаоса и смерти стал супер-город Олимпус, сумевший с помощью мощной армии защититься от врагов и обеспечить горожанам экономическое процветание. Достигнуто это было за счёт создания новой расы клонированных людей, названных биороидами.

«Почему я?..» Последнее о чём подумала Рун Балот, молодая проститутка… Её человеческая жизнь оборвалась. Рабыня опасного картёжника Шела, потерявшая свою жизнь от его же руки… На этом бы история и закончилась, если бы не одно но… Она стала киборгом. Получив силу, она преследует Шела и его помощника, Бойледа. Впереди – нелёгкий путь полный опасностей, предательства и обмана… mewand

В послевоенное время для защиты города часто приглашались наемники. Организация, в которой состоят некоторые из них выполняет контракты, связанные с обеспечением безопасности. В одном из отрядов - Вайпер (Гадюка) собрались люди разных судеб и взглядов, но занятые одной целью - заработать. Так было до тех пор, пока что-то более ценное не вошло в их жизнь и не воплотилось кредо

2026 год. Прошло одиннадцать лет с тех пор, как появились «расширяющие реальность» Интернет-устройства: кибер-очки и маски. Ученица младших классов Юко Оконоги вместе со своей семьёй переезжает в город Дайкоку, центр современных технологий нового полувиртуального мира. Там происходят странные события, замеченные лишь детьми: пропадают кибер-животные, угрожающие шаровидные роботы патрулируют небо. Когда любимое домашнее животное Юко пропадает, она оказывается втянута в интриги и раскрывает загадочную природу и историю новых технологий.