В стране Мидгард кровожадный завоеватель разрушает магическую печать, сдерживавшую Короля Демонов Даоса. Цель Даоса — полностью искоренить человечество. Несколько выживших в этой катастрофе храбрецов объединяются, чтобы остановить наступающие тьму и хаос. Мечник, клерик, ведьма, саммонер, лучник и ниндзя — эти герои пространства и времени идут по следу Даоса, чтобы положить конец его смертоносной агрессии.

События происходят по прошествии двух лет со дня окончания воины между EAF (натуралами) и PLANT (координаторами). Итак, между ними установился шаткий мир. Но недовольные этим миром есть как с одной, так и с другой стороны. Группа таких «недовольных» координаторов приводит в движение разрушенную колонию Юниус 7 и направляет ее прямиком на Землю. Падение ее вызовет уничтожение практически всех жителей Земли. С большим трудом падающая колония была взорвана силами ZAFT, но осколки наносят большой урон поверхности Земли. Это вызывает взрыв ненависти «натуралов» к «координаторам», и при поддержке «Синего космоса» конфликт вновь разгорается… И на протяжении 50 серий герои вновь берутся за оружие, чтобы защитить тот мир, который им дорог.

Представьте себе, что вы — пятнадцатилетний японский школьник и учитесь в 9-м классе. Также у вас есть две младшие сестры. Ваш отец постоянно хочет вас «убить», правда лично он называет это тренировками. Но как ни странно, благодаря именно этому, вы все еще до сих пор живы. Вы ходите в школу, учитесь, приходя домой, вы садитесь и делаете домашнее задание. Ваша семья владеет местной клиникой, вы помогаете ей в клинике по вечерам. Ну, в общем, стандартная школьная жизнь подростка.