После событий первой части фильма прошло 10 лет. Джон Бренник и его семья скрываются от корпорации Мен-тел, которая продолжает свою охоту за ними. От повстанцев, сражающихся против корпорации, поступает предложение присоединиться и вместе продолжить борьбу. Джон отказывается, опасаясь за будущее своей семьи. Но вскоре в результате внезапного рейда врага Бренник вместе с повстанцами оказывается опять в тюрьме, на этот раз ещё более усовершенствованной и укреплённой, чем предыдущая. Герой, однако, не сдаётся и решает дать отпор корпорации и бежать из тюрьмы, несмотря ни на какие тюремные ловушки и опасности.

В самом центре знаменитой Силиконовой Долины неслыханный скандал - прямо из офиса компании, занимающейся разработкой новейшей программы безопасности компьютерных систем, похищены сверхсекретные микрочипы. Все сотрудники фирмы убиты, и лишь одному чудом удалось остаться в живых. Компьютерный хакер-пират Курт Бишоп, организовавший этот дерзкий налет, рассчитывает получить денежный куш, в противном случае он выведет из строя жизненно важные компьютерные сети. На поиски Бишопа и его головорезов брошены лучшие силы полиции и ФБР: детектив-ветеран Дэвид Маркс, прозванный Патологоанатомом за свою "бульдожью" хватку, и агент Кристина Пэддок, эксперт по компьютерам и очаровательная молодая женщина. При первом знакомстве у новоявленных партнеров возникает сильнейшая аллергия друг на друга, но ведь лиха беда — начало?

Этот фильм — экранизация знаменитой компьютерной игры «Wing Commander». Десант с земного космического корабля сталкивается со смертоносным оружием в безнадежной битве за будущее человечества. Враждебная инопланетная раса килратхов обнаружила координаты Земли и направляется в Солнечную Систему с планами тотального уничтожения. И вот настало время для двух молодых отчаянных пилотов космических истребителей прорвать оборону килратхов и спасти свою планету от орд захватчиков, встреченных землянами в глубинах космоса.