В 1582 году власть в Японии перешла от Ода Нобунаги, убитого некогда верным вассалом, к Тойотоми Хидэёси. В Японии начинается реформация структуры общества. Новый правитель проводит четкую границу между крестьянами и самураями, крестьянство подвергается гонениям со стороны богачей. Проходят долгие пятнадцать лет, прежде чем в стране появляется человек, который открыто говорит о том, что его не устраивает текущее положение дел. Этот человек - Исикава Гоемон, умелый ниндзя, который становится на защиту интересов крестьянства, но у него появляется оппонент, не менее могучий ниндзя Киригакурэ Сайзо.

Демонам стало известно, что у самурая по имени Дайго скоро родился тот, кому в будущем предстоит стать Мессией и очистить весь мир от зла. Демоны предложили Дайго сделку: за то, что самурай отдаст им своего сына, демоны предложили ему власть над всей Японией. Дайго согласился и отдал своего сына демонам. Они лишили новорожденного рук, ног, глаз, ушей и прочих органов, останки ребенка они положили в люльку и пустили вниз по реке. Люлька попала в руки целителя Дзюкая, он смог спасти ребенка, сделав ему стальные органы взамен утраченных.

В конце девятнадцатого века в Японию прибывает Нейтон Альгрен, капитан вооруженных сил США. Нейтона нанял император Японии, чтобы американский военный начал обучение японской армии современным методам ведения боя. Много веков существовавший в Японии клан воинов-самураев категорически против нововведений, которые пытается навязать им император. В японской армии давно сложились собственные традиции, от которых самураи не собираются отказываться. Самураи объявляют Альгрену войну, теперь чтобы выжить американцу придется понять саму суть самурайской души.

Десять специально отобранных детей долгие годы осваивали страшную науку убийства. Под предводительством своего Учителя они стали совершенными убийцами, оружием возмездия. Им осталось пройти последнее испытание – смертельный поединок со своим лучшим другом. Пять оставшихся в живых подростков, среди которых девушка по имени Азуми, отправляются выполнять миссию, ради которой их и воспитывали долгие годы. Им предстоит уничтожить трех высокопоставленных военачальников, которые уже многие годы являются неформальными правителями страны.