В 1582 году власть в Японии перешла от Ода Нобунаги, убитого некогда верным вассалом, к Тойотоми Хидэёси. В Японии начинается реформация структуры общества. Новый правитель проводит четкую границу между крестьянами и самураями, крестьянство подвергается гонениям со стороны богачей. Проходят долгие пятнадцать лет, прежде чем в стране появляется человек, который открыто говорит о том, что его не устраивает текущее положение дел. Этот человек - Исикава Гоемон, умелый ниндзя, который становится на защиту интересов крестьянства, но у него появляется оппонент, не менее могучий ниндзя Киригакурэ Сайзо.

В конце девятнадцатого века в Японию прибывает Нейтон Альгрен, капитан вооруженных сил США. Нейтона нанял император Японии, чтобы американский военный начал обучение японской армии современным методам ведения боя. Много веков существовавший в Японии клан воинов-самураев категорически против нововведений, которые пытается навязать им император. В японской армии давно сложились собственные традиции, от которых самураи не собираются отказываться. Самураи объявляют Альгрену войну, теперь чтобы выжить американцу придется понять саму суть самурайской души.